La sfida principale al GTN viene dallo SRRC - la coalizione di opposizione dei warlords, appogiati dall'Etiopia, avente sede a Baidoa, nella regione di Bay, Somalia del sud. La coalizione ha cominciato ad avere problemi interni quando alcuni dei membri hanno firmato il patto di pace per governo nazionale di unità in Nakuru, Kenia. I leaders della coalizione sostengono che il governo di transizione non è rappresentativo della società somala e che non controlla tutto il paese. Hanno invitato la Comunità internazionale d'intervenire in Somalia per tentare l'instaurazione di un governo di transizione come è stato fatto nell' Afghanistan. I capi del SRRC dicono che non possono più contare soltanto sui paesi limitrofi nella regione che a loro volta hanno problemi interni.