La notizia della strage di via Fani venne per radiotelefono comunicata dal Ministro dell'Interno onorevole Cossiga al Presidente del Consiglio, per il tramite del Segretario particolare di quest'ultimo, mentre a Palazzo Chigi era in corso la cerimonia del giuramento dei Sottosegretari del nuovo Governo.
Il Presidente del Consiglio informò immediatamente le alte cariche dello Stato e coi segretari dei partiti della maggioranza, sopraggiunti nel frattempo a Palazzo Chigi, concordò la strategia da seguire.
Alle ore 11 il Presidente onorevole Andreotti convocò il Consiglio dei Ministri in seduta straordinaria: informò i colleghi di Gabinetto sui risultati degli incontri e dei contatti da lui avuti, sottolineò l'esigenza di comportamenti politici adeguati alla gravità della situazione e del massimo coordinamento dell'attività delle forze di Polizia e delle altre Forze Armate dello Stato. Il Consiglio dei Ministri approvò unanime. La riunione fu brevissima, in tutto 20 minuti.
Alla Camera dei deputati la seduta per la presentazione del nuovo Governo, iniziata alle ore 10 e immediatamente sospesa, su richiesta del Presidente del Consiglio, venne ripresa alle ore 12,40, dopo che i Gruppi nel frattempo avevano concordato sullo svolgimento di un dibattito concentrato. Già nella stessa serata del 16 marzo 1978 il Governo ottenne la fiducia dei due rami del Parlamento.
La linea di fermezza decisa dal Governo e fissata nella frase "comportamenti politici adeguati alla gravità della situazione" venne confermata il giorno 4 aprile alla Camera dei deputati dai rappresentanti dei Gruppi parlamentari, in occasione del dibattito riservato alla discussione di interrogazioni e interpellanze relative alla vicenda del sequestro dell'onorevole Moro.
Il Ministro dell'interno onorevole Cossiga ha chiarito in Commissione che con la espressione "comportamenti politici adeguati" il Governo s'interdiceva decisamente lo scambio dell'onorevole Moro con persone imprigionate per fatti di terrorismo e ogni altro atto che implicasse riconoscimento politico delle BR, intravedendo in questi comportamenti una capitolazione dello Stato. Durante il periodo tra il 16 marzo e il 9 maggio il Consiglio dei Ministri si occupò della vicenda Moro nelle riunioni del 30 marzo, del 14 e del 21 aprile, e del 9 maggio.
La gestione politica della "crisi" venne affidata dal Consiglio dei Ministri al Comitato interministeriale per la sicurezza (CIS) composto dal Presidente del Consiglio onorevole Andreotti, che lo presiedeva, dal Ministro dell'interno onorevole Cossiga, dal Ministro degli esteri onorevole Forlani, dal Ministro delle finanze onorevole Malfatti, dal Ministro della Difesa onorevole Ruffini e dal Ministro dell'industria onorevole Donat Cattin, dal Segretario generale del CESIS prefetto Napoletano, dal Capo del SISMI generale Santovito, dal Capo del SISDE generale Grassini, dal Comandante generale dei Carabinieri generale Corsini, dal Comandante generale della Guardia di Finanza generale Giudice, dal Capo della Polizia Prefetto Parlato, dal Capo di Gabinetto della Presidenza del Consiglio, dottor Milazzo.
Alle riunioni del CIS venne invitato a partecipare anche il senatore Morlino, all'epoca Ministro del Bilancio e della programmazione economica, in ragione dei suoi rapporti personali con la famiglia Moro, con la quale il Governo riteneva necessario mantenere continui contatti.
Il Comitato si riunì il 17 marzo, quindi il 19, il 29 e il 31 marzo, il 24 aprile, il 3 e il 5 maggio 1978.
Sulla base delle direttive formulate dal Consiglio dei Ministri, il Ministro dell'interno onorevole Cossiga decise la costituzione, sotto la sua presidenza e, in sua vece, del Sottosegretario onorevole Lettieri, di un Comitato tecnico-politico-operativo per il coordinamento dell'attività delle forze di polizia, di cui chiamò a far parte il Capo della Polizia, il Comandante generale dei Carabinieri, il Comandante generale della Guardia di Finanza, i responsabili dei servizi di informazione e di sicurezza SISMI e SISDE, il Questore di Roma ed altre autorità di Pubblica Sicurezza.
Al Comitato interministeriale per la sicurezza vennero assegnati compiti esclusivamente politici, ossia attinenti alla definizione degli indirizzi generali dell'azione dello Stato rispetto ai molteplici e complessi problemi nascenti dal sequestro dell'onorevole Moro. Il Comitato tecnico-politico-operativo ebbe il compito di realizzare il coordinamento dell'attività delle forze di polizia e una sede ravvicinata per lo scambio di informazioni tra le forze di Polizia e i Servizi di sicurezza.
Il suddetto Comitato tenne, fino alla data del 31 marzo, riunioni quotidiane e, successivamente, decise di riunirsi a giorni alterni, ma delle riunioni successive al 3 aprile la Commissione non ha potuto avere alcun verbale o nota: il Ministro dell'interno ha fatto sapere che non risultavano agli atti nemmeno appunti.
Il Ministro dell'interno mantenne inoltre personali contatti coi Ministri dell'Interno della Repubblica Federale Tedesca, della Repubblica d'Austria e con il Capo del dipartimento di Giustizia e Polizia della Confederazione Elvetica, ai fini della cooperazione internazionale per la lotta al terrorismo.
Nel quadro di questa collaborazione il Ministro dell'interno della Repubblica Federale Tedesca mise a disposizione del Ministero dell'interno italiano il computer del "Bundeskriminalamt" di Wisbaden.
Il Ministro dell'interno si. avvalse anche dell'opera di alcuni consulenti personali: il prof. Franco Ferracuti, ordinario di medicina criminologica e psichiatria forense presso l'università di Roma; il dottor Stefano Silvestri, esperto in problemi internazionali; il professor Vincenzo Cappelletti, Direttore dell'istituto per l'enciclopedia Treccani; il professor Augusto Ermentini, docente di antropologia criminale.
Il 21 marzo 1978 il Governo adottava il decreto-legge n. 59, che venne convertito nella legge 18 maggio 1978, n. 191, contenente "norme penali e processuali per la prevenzione e repressione di gravi reati."